Spezialisierte Roboter arbeiten auf der Oberfläche des Mars daran, Kuppeln für zukünftige Kolonisten zu bauen. Dazu bewegen sie Vieh, Bananen und Kristalle mit sehr hohem Tempo über magnetische Bahnen. Wie in Magic Maze kann jeder Spieler dabei nur ganz bestimmte Aktionen durchführen, um die Roboter zu steuern und natürlich sind die Kommunikationssysteme die meiste Zeit außer Betrieb.

Bei Magic Maze on Mars spielen alle Spieler gleichzeitig. Jeder hat dabei andere Fähigkeiten, wie das Nutzen der verschiedenfarbigen Schnellbahnen, das Produzieren von Ressourcen oder das Erkunden neuer Zonen. Indem die Ressourcen über die Schnellbahnen zu den Baustellen bewegt werden, bauen die Spieler Kuppeln für die Kolonisten. Die Spieler gewinnen gemeinsam, wenn jeder Kolonist innerhalb des Zeitlimits eine bewohnbare Kuppel erreicht oder sie verlieren, wenn die Zeit abläuft.